一般而言，多发性皮脂腺囊肿并不会影响健康，主要只是美观问题。特别由于治疗十分花时间，所以多数医师也是抱著消极的治疗态度。治疗上如果只是单纯的以针挑开，把内容物挤掉，只是暂时让病灶变小，不出数月又会长回原来大小。如果是不挑开而只是用力挤破，则原本肉色的囊肿反而会红肿，更难看。

至于开刀自然是一劳永逸，然而因为病灶数目一般不少，除较明显部位或大颗病灶外，较少以手术解决。而更务实的想法，即使开刀拿掉，身上其他地方仍然会产生新的囊肿，何况凡开过刀必留下痕迹，并不一定值得。另有一种精细的囊肿外翻手术，是以细缝划开囊肿，再将囊肿壁全数翻出清除，在术后外观可达最佳效果，但并非每个囊肿都能轻易翻出，十分费时，也需要高度技巧，因此做的人不多。

至于药物治疗，如维生素a酸，虽可以稍微减少囊肿大小，但只是一时性效果，一旦停药又会逐渐变大。但如果是囊肿破裂发炎，则可以给与口服药物治疗，如抗生素〈并非杀菌，而是因抗生素本身也有消炎效果〉、维生素a酸，或直接病灶内注射类固醇。

有时不治疗就是最好的治疗，多发性皮脂腺囊肿就是一个例子。目前没有任何饮食、药物，真正能改变多发性皮脂腺囊肿的病程，因此放宽心，把多发性皮脂腺囊肿当作身体的一部分，不要刻意挤压，对多数患者而言，可能是最佳选